IOB is inhoudelijk onafhankelijk. Bij het programmeren of uitvoeren van onderzoek of het geven van adviezen laat IOB zich niet beïnvloeden door andere dan inhoudelijke overwegingen. Dat geldt voor de keuze van de methoden van onderzoek, voor de beoordeling van data, voor de weging van alternatieve verklaringen en voor het formuleren van conclusies en aanbevelingen.
Concreet betekent de onafhankelijke positie:
- IOB beslist zelf over de onderzoeksprogrammering, in overleg met de beleidsdirecties van het ministerie van Buitenlandse Zaken en andere belanghebbenden en in overeenstemming met de Regeling periodiek evaluatieonderzoek.
- We beslissen zelf over de invulling van onze onderzoeken: de afbakening van het onderwerp, de onderzoeksvragen en de onderzoeksmethoden.
- We hebben vrije toegang tot alle gegevens waarover de beleidsdirecties en uitvoeringsorganisatie beschikken. Ook mogen we betrokkenen gericht naar informatie vragen.
- Onze evaluaties zijn openbaar. Ze worden standaard op de IOB-website gepubliceerd en naar het parlement gestuurd.
- De directeur IOB is eindverantwoordelijk voor de inhoud van de uitgebrachte onderzoeken en stelt de teksten vast. De directeur wordt aangetrokken van buiten het ministerie van Buitenlandse Zaken, wordt aangesteld voor bepaalde tijd en komt niet in aanmerking voor een vervolgaanstelling binnen het ministerie.
Organisatorisch valt IOB rechtstreeks onder de secretaris-generaal van het ministerie van Buitenlandse Zaken.